As principais causas do desmatamento das matas brasileiras estão relacionadas à ação humana, especialmente às atividades agropecuárias. Além do processo de urbanização, o crescimento do agronegócio e de práticas ilegais agravam a situação do desflorestamento no país. De acordo com o relatório Contas Econômicas Ambientais da Terra: Contabilidade Física, a área agrícola apresentou um crescimento de 50,1% durante as duas décadas avaliadas pelo monitoramento – entre 2000 e 2020. Em relação às atividades ilegais, o Relatório Anual do MapBiomas mostrou que mais de 95% da área total desmatada não possuem autorização de supressão de vegetação registrada para o local no SINAFLOR/IBAMA. Grande parte dos casos está relacionada a extração ilegal de madeira. Recentemente, também foi possível acompanhar o destaque dos casos de garimpos ilegais, que prejudicam o meio ambiente e a vida da população índigena presente nas regiões de exploração.
O desmatamento na Amazônia acarreta problemas em escala local, regional e global, pois a floresta é abrigo de milhões de espécies, entre animais e plantas, além de desempenhar papel importante nas condições atmosféricas da região Norte do Brasil e no clima mundial. No segundo caso, isso acontece porque a floresta é uma grande reserva de carbono que conseguia, até pouco tempo, reter o dióxido de carbono (CO2) da atmosfera e auxiliar no controle do clima. Com a retirada da cobertura vegetal da Floresta Amazônica, as seguintes consequências são observadas: maior vulnerabilidade do solo, tornando-o suscetível a processos erosivos; assoreamento dos rios em decorrência da fragilização e erosão dos solos; perda de biodiversidade tanto na fauna quanto na flora, além do aumento do número de espécies ameaçadas de extinção; desequilíbrio ecossistêmico; poluição atmosférica decorrente das queimadas; agravamento das mudanças climáticas em função da emissão de gases poluentes na atmosfera.